Генпрокуратура отмечает, что зачастую не соблюдаются ограничения хозяйственной деятельности в нарушение федерального закона "Об охране озера Байкал" и постановления правительства РФ о перечне видов деятельности, запрещенных в центральной экологической зоне Байкальской природной территории, о чем свидетельствуют проверки, проведенные в 2015-2016 годах.

Другой проблемой названы сбросы сточных вод. Так, в Бурятии 25 из 34 хозяйствующих субъектов не имели очистных сооружений. 

Прокуроры отмечают и возникновение свалок из-за отсутствия полигонов для размещения отходов. Только в Бурятии после вмешательства прокуратуры приняты меры к ликвидации 50 свалок, возбуждено три уголовных дела о порче земли.

Прокуратура выявила также факты использования подземных вод без лицензий на недропользование. Кроме того, как отмечается в письме, вопреки запрету, содержащемуся в постановлении правительства от 2001 года на добычу металлических руд в центральной экологической зоне Байкала, Роснедра не прекратило действие таких лицензий. На участке Холоднинского месторождения с 2005 года велась добыча руды, и лишь после представления Генпрокуратуры был решен вопрос об аннулировании лицензии.

Прокуроры выявили и самовольную застройку, прежде всего береговой полосы. Незаконному предоставлению земельных участков, отметили в прокуратуре, способствует отсутствие в кадастре недвижимости сведений о границах зон Байкальской природной территории.

По данным Западно-Байкальской прокуратуры, лесоустройство в лесничествах не проводилось больше десяти лет, а мероприятия по охране, защите и воспроизводству лесов запланированы без учета правил пожарной безопасности в лесах и фактического ущерба, причиненного пожарами.