После периода конфликтов, проходивших в том числе и на территории Бурятии, в 1689 году Российская империя и империя Цин подписали Нерчинский договор, положивший конец многолетней борьбе за территорию Приамурья.

Но договор «под жерлами пушек» не слишком устраивал русских поселенцев, и всерьёз соблюдать его никто (кроме московской власти) не собирался.

 Русские золотодобытчики пробирались в пределы Хулунбуира и вывозили оттуда ценный металл, причём лёгкость добычи подстёгивала их к увеличению масштабов. Это даже вынудило Петра I в 1706 году даже издать специальный указ о неукоснительном соблюдении договора. Но к этому времени старатели уже стали обживаться на китайской территории, и указ дружно проигнорировали. 

Через почти 30 лет после Нерчинского соглашения стороны вынуждены были вновь сесть за стол переговоров, в ходе которых российским послом С.Л.Рагузинским-Владиславичем были отклонены притязания китайской стороны на территории, населённые российскими подданными. Русской делегации удалось реализовать принцип «каждое государство владеет тем, что у него есть», и оставить за собой территории к западу от реки Аргуни до Шабин-Дабага. Важным достижением договора стало юридическое закрепление деятельности Русской духовной миссии в Пекине в составе 10 человек. 

Постоянным очагом напряжённости между странами оставались золотодобытчики. Статус беспошлинной зоны вместе с Кяхтой получил и район Цурухайту (ныне посёлок в Приаргунском районе Забайкалья). Он не смог конкурировать с Кяхтой за торговые возможности, но превратился в базу для старательской «вольницы». Смешанные русско-китайские «бригады» в 60-80-е годы 19-го века выросли до 15 тысяч человек и район даже получил неофициальное название «Желтугинской республики». 

Китайские войска регулярно сталкивались с этими отрядами, задерживая и убивая «нелегалов». Время от времени и русские власти пытались вернуть старателей назад, но не слишком в этом усердствовали. 

Маньчжуры не торопились осваивать земли, закреплённые нерчинским договором. Русские же, освоив Камчатку и Сахалин, вышли в богатое Приморье. 

Тем временем вторая опиумная война, разразившаяся в 1856 году между Цинской империей и франко-британскими союзными войсками, привела к поражению императорских войск и оккупации Пекина. 

После набега, который франко-английский флот совершил на Петропавловск-Камчатский, стало ясно, что России остро необходим Амур как водная артерия для снабжения форпостов. И генерал-губернатор Восточной-Сибири Николай Муравьёв начинает активную кампанию. Цинично воспользовавшись слабостью маньчжурской династии, под предлогом предоставления помощи, Муравьёв (впоследствии Муравьёв-Амурский) добился установления границы по реке Амур, полностью подчинив себе Уссурийский край. Судоходство по Амуру было разрешено лишь русским и китайским судам. Таким образом, Россия заблокировала возможное продвижение французского и британского флотов вглубь Маньчжурии. 

Несмотря на то, что тогда Айгунский договор и Пекинская конвенция воспринимались как благо для маньчжуров, сейчас они характеризуются в Китае как «неравные». 

Через 10 лет Россия вновь вторглась на китайскую территорию. 

После Дунганского восстания 1864 года центральное китайское правительство утеряло контроль над Синьцзяном. Новая власть в лице уйгурского вождя Алахана отказалась выдать сбежавшего казахского султана Тазабека, которого царские власти провозгласили преступником, и царские войска оккупируют самопровозглашённый Илийский султанат (Кульджу). 

 Перед вторжением имеператор Александр II через посла передал властям Китая письмо: «Вмешательство наше в дела Западного Китая имеет единственной целью оказать содействие китайцам к восстановлению их власти в отторгнутых западных провинциях Империи». При этом генерал-губернатором А.Н. Куропаткиным местному населению было дано противоположное обещание. 

Ещё через 10 лет, подписав с Китаем Ливадийский и Петербургский договоры, определившие границы государств, и взяв с императора 9 млн рублей, Россия вывела войска. Значительная часть населения (в основном казахи и дунгане) ушла с войсками, оставшиеся уйгуры до сих пор сопротивляются китайским властям, регулярно поднимая кровопролитные бунты. 

А в конце 19-го века Россия и Китай развернули масштабный совместный проект, призванный вывести взаимоотношения на совершенно новый уровень. В ходе японо-китайской войны 1894 - 1895 гг. китайская армия и флот терпели сокрушительные поражения. Наместник столичной провинции Ли Хунчжан (фактически являвшийся министром по всем внешним сношениям), убедил правительство обратиться к России. Российское правительство, опасавшиеся усиления Японии, с готовностью пошло навстречу. В 1896 г. министр финансов Сергей Витте подписал в Москве секретный договор о союзе и постройке Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД), которая, пройдя через Северо-Восточный Китай, должна была напрямую соединить Сибирскую железнодорожную магистраль с Владивостоком. Договор предусматривал фактическое создание оборонительного союза России с Китаем, который должен был вступить в силу в случае нападения Японии на Россию или Китай. КВЖД же должна была стать транспортной артерией, обеспечивающей быструю доставку военной силы и техники. Россия арендует у Китая порты в Даляне и Порт-Артуре. 

 В 1895 году в Маньчжурию прибывают строители новой магистрали.