В июле 2008г. на озере зафиксировали их массовую гибель. Тогда же были зарегистрированы случаи отравления местных жителей, которые употребляли в пищу рыбу из Котокеля.

В 2009 году по Постановлению Главного санитарного врача Республики приостановили использование водоёма в рекреационных, питьевых и хозяйственно-бытовых целях. Турбазы и дома отдыха пришлось закрыть.

В 2009 г. за счёт средств резервного фонда Республики Бурятия Институтом общей и экспериментальной биологии СО РАН были проведены исследования для подготовки научного обоснования проектных мероприятий по оздоровлению озера.

В первую очередь, было решено повысить уровень воды и проточности Котокеля. Для этого в 2011-2012 годах, за счёт субвенций, выделяемых из федерального бюджета, были расчищены реки, через которые осуществляется связь Котокеля с озером Байкал. Работы провели на реке Коточик и на протоке реки Исток.

Карантинные ограничения с озера сняли в 2017 году.

Чтобы закрепить положительную динамику, необходимо улучшить состояние экосистемы озера. В рамках проекта «Сохранение уникальных водных объектов» Росводресурсами предусмотрены средства на разработку проектно-сметной документации и мероприятия по расчистке озера Котокельского в общем объеме финансирования 34 млн рублей.