С 1968 года Сергей Иванович Никифоров назначается ректором Восточно-Сибирского государственного института культуры. Он проработал здесь 22 года. При нём значительно укрепилась материально-техническая база института – появились учебный корпус, общежитие, оздоровительно-спортивный лагерь на оз. Байкал, лыжная база. При прямом содействии Сергея Ивановича в 80-х годах рождается ансамбль «Сибирский сувенир», который в дальнейшем успешно гастролирует по странам Европы, Азии, Северной Америке, демонстрируя искусство народов Восточной Сибири, Севера и Монголии.

Одновременно с основной деятельностью, Сергей Иванович занимается и педагогической работой, пишет научные труды, принимает самое активное участие в общественной жизни города и республики. Он один из инициаторов создания общества советско-монгольской дружбы, избирается членом Правления Всероссийского общества и председателем Республиканского общества «Книга», а также членом правления Бурятского отделения советского фонда культуры. Восемь раз Сергей Иванович избирается депутатом Городского совета.

За свою активную деятельность в самых разных областях Сергей Иванович Никифоров удостоен почётного звания заслуженного работника культуры РСФСР, Республики Тыва и МНР, награжден орденом «Дружбы», медалями «За доблестный труд», «Ветеран труда», «50 лет Монгольской народной революции», нагрудными знаками Министерства высшего образования СССР «За отличные успехи в работе», Министерства культуры СССР и ЦК профсоюзов работников культуры «За отличную работу». 

К 95-летию Сергей Иванович был награждён медалью «За заслуги перед Республикой Бурятия».