В учреждении настаивают, что абсолютно все госконтракты заключаются на основании госпрограмм, и контролируются на всех этапах - от заключения до выплаты денежных средств. Так, на стадии проведения торгов за контроль отвечает Республиканское агентство по государственным закупкам, а при постановке на учет бюджетных обязательств и при оплате обязательств по контракту - Управление федерального казначейства в Бурятии.

"Что касается неэффективного использования бюджетных средств, то специалистами Счетной палатой не представлено ни одно конкретное доказательство – расчеты и обоснования, что задачи могли быть выполнены и с использованием меньшего объема средств или что, используя определенный бюджет, можно было бы достигнуть лучшего результата. В большинстве своём, выявленные нарушения основываются на субъективном мнении проверяющих и даже неверном толковании требований действующего законодательства", - сообщили в пресс-службе отраслевого министерства. 

В 2020 году Счетная палата Бурятии также проводила проверку в ГКУ «Бурятрегионавтодор» и также выявила неэффективное использование бюджетных средств. Но тогда Арбитражный суд Бурятии признал доводы, указанные в представлении, незаконными и необоснованными.